Helena Filipsson, professor vid geologiska institutionen, har tillsammans med kollegor fått så kallad ”seed funding” från Lunds universitet för det tvärvetenskapliga projektet “From Microns to Models: Leveraging μCT and Machine Learning for High-Resolution Morphological Diversity Analysis (MICROMORPH)”. Projektet förenar expertis från geologi, biologi, matematik och statistik och drivs i samarbete med LINXS och ”The National Research Infrastructure for Data Visualization” (Infravis).
Grattis till ert anslag, Helena! Hur känns det?
– Tack! Det känns väldigt roligt och inspirerande. Anslaget gör det möjligt för oss att testa nya idéer och bygga broar mellan olika forskningsområden som förenas i vårt intresse av bildanalys.
Kan du berätta om ert projekt MICROMORPH?
– Projektet handlar om att utforska naturens former på helt nya sätt. Vi använder mikro-datortomografi (µCT), en teknik som kan skapa tredimensionella bilder i extremt hög upplösning, och kombinerar detta med maskininlärning. Vår styrka är att vi kommer från olika fält – biologi, geologi, matematik och statistik – men med ett gemensamt intresse för automatisk bildanalys.
Vi kommer att analysera både marina mikrofossil (foraminiferer) och sädeskorn såsom havre och korn. Trots att dessa forskningsobjekt kan tyckas olika, är de båda utmärkta exempel på hur µCT och artificiell intelligens kan hjälpa oss att förstå former och strukturer på djupet.
Vad hoppas ni uppnå med projektet?
– Vi vill utveckla nya metoder för att analysera komplexa former och hantera stora datamängder, för att på så sätt kunna besvara viktiga frågor. Inom marin paleoekologi kan vi till exempel undersöka hur foraminiferer har reagerat på tidigare klimatförändringar, och inom växtbiologi kan vi få nya insikter om korn- och havres egenskaper. Samtidigt vill vi förfina och bredda användningen av bildanalys och maskininlärning, så att resultaten kan få betydelse även utanför våra egna forskningsfält.
Vad betyder anslaget för er?
– Det här projektet växte fram ur mitt och Mats Hanssons respektive samarbeten med Infravis, där vi insåg att vi hade samma behov trots olika forskningsinriktningar. Mats Hansson, professor i växtbiologi vid biologiska institutionen, och jag såg därför utlysningen som en chans att utveckla ett gemensamt projekt. Anslaget med startpengar ger oss möjlighet att sätta igång samarbetet, testa våra idéer och dessutom rekrytera en ung forskare – något som är helt avgörande för att kunna bygga vidare.
Vad finns det för praktisk användning av resultaten?
– Metoderna kan användas i många olika sammanhang – från att tolka hur havsmiljöer har förändrats över tid till att utveckla grödor med bättre egenskaper. Dessutom kan våra algoritmer för bildanalys tillämpas på helt andra typer av biologiska och geovetenskapliga material. På längre sikt kan det få betydelse för både livsmedelssäkerhet, miljöövervakning och hållbarhetsforskning.
Samarbetet bygger på expertis från tre av universitetets starka forskningsmiljöer, BECC, MERGE och eSSENCE, och ligger i linje med både LUs hållbarhetsarbete och den strategiska satsningen på MAX IV. Projektet får startfinansiering för perioden 2025-2027, med två miljoner kronor. Projektet är ett av tre som fått startfinansiering (”seed funding”) från Lunds universitet.