Felmärkta kliniska och biologiska data är ett problem som bidrar till oanvändbara resultat och felaktiga beslut inom vården. Den mänskliga faktorn ligger bakom dessa problem; det handlar om oavsiktliga förväxlingar av patientprover som då råkar bli felmärkta.
Den amerikanska myndigheten för livsmedel och läkemedel utlyste i höstas tillsammans med nationella cancerinstitutet i USA en tävling baserad på just denna problematik med förväxlade patientdata. Forskarsamhället uppmanades delta i tävlingen för att bidra med lösningar på dilemmat med felmärkta data. Tävlingen ingick som en del i före detta presidenten Barack Obamas satsning kallad Precision Medicine Initiative från 2015.
En forskargrupp i teoretisk fysik, närmare bestämt inom beräkningsbiologi, vid Lunds universitet deltog i tävlingen tillsammans med företaget Bionamic på Medicon Village i Lund. Laget kom på delad förstaplats i internationell konkurrens där sammanlagt 30 lag var med.
– Vår algoritm lyckade pricka in alla rätt, säger Carsten Peterson, professor i teoretisk fysik vid Lunds universitet.
Målet med tävlingen var att utveckla datoralgoritmer som med precision kan upptäcka och korrigera felmärkta data. Tävlingsdeltagarna fick jobba med riggade data som gjorde det möjligt för juryn att jämföra resultaten med ett exakt facit. Materialet bestod av data från bland annat proteinmätningar hos cancerpatienter samt tillhörande klinisk diagnos.
Lundaforskarna tog hjälp av artificiell intelligens för att lösa uppgiften. De använde bland annat så kallade neuronnätverk som en del av arbetet med algoritmen de tog fram. Lundagruppen har mångårig erfarenhet av att utveckla just konstgjorda neuronnätverk, en sorts datorprogram som tränas till att analysera och hitta mönster i stora datamängder.
Förutom Carsten Peterson bestod laget av forskarna Patrik Eden, Björn Linse och Mattias Ohlsson från Lunds universitet samt Anders Carlsson från Bionamic. Deras metod, som alltså bygger på olika komponenter av konstgjord intelligens, ska presenteras vid en konferens i Washington i maj samt publiceras i tidskriften Nature Medicine tillsammans med arrangörerna senare i år.
Text: Lena Björk Blixt